Министерство внутренних дел было образовано в рамках национального правительства Азербайджанской Республики, провозгласившей свою независимость 28 мая 1918 года. В период 1918-1920 годов как само Министерство, так и функционировавшие в его составе органы полиции сыграли значительную роль в становлении азербайджанской государственности, находясь на передовых рубежах в деле защиты независимости и национальных интересов.
После падения Азербайджанской Республики 27 апреля 1920 года Министерство внутренних дел Азербайджанской ССР было подчинено МВД Союза ССР и в соответствии с требованиями социалистической идеологии являлось классовым органом по своему содержанию. Однако невзирая на это обстоятельство, в этот период органы внутренних дел Азербайджана обрели значительный опыт, знания и профессиональную подготовку в области борьбы с преступностью, охраны общественного порядка и общественной безопасности. Самоотверженно стоя на страже стабильности и спокойствия в республике, органы внутренних дел прошли значительный этап в своем организационном становлении.
В период 1941-1945 годов около 800 служащих азербайджанской милиции были представлены к высоким государственным наградам за мужество и героизм, проявленные на полях сражений в войне с фашизмом.
С момента начала армяно–азербайджанского нагорно-карабахского конфликта 1145 сотрудников органов внутренних дел и военнослужащих Внутренних войск пали в сражениях за независимость и территориальную целостность Азербайджана, а 681 сотрудник стали инвалидами войны.
В боях за суверенитет и территориальную целостность Азербайджанской Республики стали шехидами 465 сотрудников полиции, 680 военнослужащих Внутренних Войск, 67 сотрудникам органов внутренних дел присвоено почетное звание «Национального героя», 86 – награждены орденом «Азербайджан Байрагы», 247 – другими орденами и медалями.
После принятия Конституционного Акта «О государственной независимости Азербайджанской Республики», принятого 18 октября 1991 года, Министерство Внутренних дел Азербайджана вышло из подчинения союзного МВД и начало функционировать как соответствующее ведомство суверенной Азербайджанской Республики.
В 1992 году Азербайджанская Республика вступила в Международную организацию криминальной полиции (Интерпол), в связи с чем 24 ноября того же года в структуре Министерства Внутренних дел была основана новая служба – Национальное центральное бюро Интерпола в Азербайджанской Республике.
В целях обеспечения органов внутренних дел специалистами с высшим образованием согласно Указу Президента Азербайджанской Республики от 23 мая 1992 года и Постановлению Кабинета Министров от 9 июня 1992 года на базе Бакинской специальной средней школы имени Н.Рзаева была образована Полицейская Академия МВД Азербайджанской Республики.
Указом Президента Азербайджанской Республики от 30 июня 2001 года были утверждены «Положение и структура Министерства Внутренних дел».
В соответствии с Указом Президента Азербайджанской Республики от 30 июня 2004 года в целях осуществления внутриведомственного контроля над деятельностью органов внутренних дел, в том числе более подробного ознакомления с вопросами внутренней безопасности в органах и частях Министерства, профилактики несовместимой со службой в ОВД деятельности и иных негативных проявлений, выявления условий, порождающих коррумпированную практику, а также принятия мер в отношении коррумпированных служащих в структуре МВД было создано Управление Внутренней безопасности.
Согласно Национальному Плану по борьбе с торговлей людьми в Азербайджанской Республике, утвержденному Распоряжением Президента Азербайджанской Республики от 6 мая 2004 года, в том же году в структуре Главного Управления по борьбе с организованной преступностью было создано специализированное Управление по борьбе с торговлей людьми.
Хронология лиц, занимавших пост министра внутренних дел на протяжении истории Азербайджанской Республики: